2019年5月1日から元号が「令和」に変わりますが、車庫証明の申請等において用いられる申請書等について、はじめから「平成」の文字が記載されている申請書等についても、2019年5月1日以降も引き続き有効な書類として使用することができます。
書類を提出する際に、警察署によっては、「平成」を「令和」に訂正するよう求められる場合がありますが、手書きで訂正すれば足り、訂正印は必要ありません。警察署の指示に従って訂正すればよろしいかと思います。
「平成」の文字が記載された書類の取扱いについて、詳しくは下記ページをご覧ください。